La iglesia fue construida para albergar el panteón dinástico de la reina Isabel la Católica, dedicada a San Juan Evangelista, del que era devota la reina. El destino del edificio dicta su forma de catafalco simulado, rodeado por pináculos a modo de cirios.

Lo traza y levanta la cabecera de la iglesia y el crucero Juan Guas, el primero en ostentar el título de arquitecto real. Por toda la fachada corre el cordón franciscano de la orden que ocupa el edificio. La cabecera es poligonal con contrafuertes coronados por agujas o pináculos, decorados con reyes de armas, heraldos a tamaño natural, que lucen en sus vestimentas los escudos de los Reyes Católicos. El cimborio sobre el crucero es octogonal, coronado con crestería y decorado con más pináculos góticos. Sobre la portada lateral hay un singular Calvario, donde está presente la Virgen y San Juan, pero no Cristo. Éste está simbolizado por el pelícano que se posa sobre la cruz, acorde con la creencia medieval que el ave era capaz de alimentar a sus hijos con su propia sangre, siendo una especie de prefiguración de la Eucaristía.

Los Reyes Católicos en acción de gracias por la victoria en la batalla de Toro, decidieron levantar un templo votivo que al mismo tiempo tuviera un oficio de panteón regio ya acordaron que la fundación tuviera lugar en Toledo. El segundo de los motivos (la conquista de granada) no se consiguió pero el templo se levanto de igual forma terminándolo en el año 1495. La reina tuvo el deseo de que la obra sirviera como panteón real. Desechada la idea, decide utilizar el nuevo edificio para dar morada a los hermanos franciscanos, que habían acudido a ella solicitando su ayuda.

La construcción del templo fue encargada al arquitecto Juan Guas y a l escultor Egas Cueman, cuya decoración será decisiva en la decoración. Para sufragar estas grandes sumas de dinero que requería las obras utilizaron los tesoros reales. La iglesia tiene una única nave y varias capillas laterales. Destaca en su interior la exquisita distribución de la luz, con una luminosidad máxima en el altar, lograda gracias a una especial disposición de las vidrieras, así como a la distribución de los espacios. El claustro dedicado a Dios, a San Juan Evangelista y a San Francisco, está considerado como una de las joyas del gótico tardío hispano. En tiempo de Carlos V se construyó un segundo claustro comunicado con él por medio de una escalera.

En el austero exterior, unas cadenas colgaban de los parámetros del crucero del ábside, que fueron mandadas colgar por la reina Isabel, recuerdan la reconquista de territorios al sur de la Península a manos del rey Fernando, quien liberó de ellas a los Cristianos cautivos. La iglesia tiene planta de salón con un espacioso crucero para albergar los futuros túmulos funerarios. La cabecera es poligonal, conformando un verdadero tapiz escultórico de resonancia mudéjar. Se cubre con una bóveda de estrellas de ocho puntas y se apoya sobre trompas. En el crucero en la nave se observa también la decoración epigráfica, también de la tradición mudéjar, aludiendo estos letreros a la conquista de Granada. La entrada estaba pensada por el extremo de los pies de la iglesia con el coro alto, conduciendo la nave al altar mayor, según va creciendo la iluminación de los espacios. Los repetidos escudos reales en la capilla mayor fueron realizados antes de 1492, ya que no aparece en ellos el fruto de la granada, símbolo del reino entonces conquistado. Toda la decoración es repetitiva y destinada a subrayar la magnificencia de los reyes. Isabel es simbolizada por haces de flechas que representan la unión de fuerzas y por la “Y” inicial de su nombre, en la grafía de la época.

Fernando está simbolizado por la “F” y por el yugo con el lema "tanto monta", que alude al episodio mítico del nudo gordiano, cortado por Alejandro Magno, ante la imposibilidad de desatarlo. Es una justificación de los medios utilizados, para obtener los fines perseguidos. Aquí indica la primacía de la razón de Estado sobre otras consideraciones, propia del pensamiento de Maquiavelo. No es casual que los símbolos de cada uno de los consortes empiecen con la inicial del nombre del otro.

Otro espacio clave es el claustro cuadrado y de doble piso, una de las obras maestras del gótico final, dentro de la estética hispano flamenca, que combina elementos góticos y mudéjares, muy propia de Juan Guas. La longitud de sus lados con cinco vanos es justo la mitad de la nave de la iglesia. El claustro bajo se cubre con bóveda de crucería de tipo alemán, sin que los nervios se junten en el centro, por lo tanto, sin clave.

El claustro superior presenta un artesonado de madera con la típica lacería mudéjar. Las columnas, arcos y pilastras están recubiertos por motivos vegetales y animales, muchos de ellos también provistos de carga simbólica. Entre ellos aparecen figuras humanas, aisladas o formando escenas, como un niño apuñalando un águila, un mono jinete en un perro tocando la flauta, otro sentado sobre un orinal y muchas más, propias del repertorio del gusto gótico. Aunque algunos pueden proceder de la restauración del siglo XIX. Por todo el claustro están repartidas esculturas de personajes bíblicos sobre peanas y bajo doseletes. La escalera que conduce al claustro alto presenta ya motivos renacentistas, una bóveda de media naranja, máscaras, veneras, casetones, muestras del quehacer de Alonso de Covarrubias.

Llaman la atención las cadenas colgadas en los muros exteriores de la iglesia. Corresponden a los cautivos liberados en la larga campaña de Granada y se colgaron en 1494, como ex-voto y símbolo del triunfo de la fe cristiana. Completan bien la intencionada decoración del edificio.

Finalmente los reyes cambiaron de idea tras la conquista de Granada y su postrer morada está en la nueva catedral de aquella capital.

El convento fue prácticamente destruido en la guerra de la Independencia y se reconstruyó sólo en parte, desapareciendo el segundo claustro, según los criterios historicistas del siglo XIX, sin dejar distinción entre lo antiguo y lo restaurado, siendo el mejor ejemplo de ello las gárgolas del claustro.